Het begin
In de tijd dat de Nederlanden nog volledig katholiek waren en onder Spaans gezag leefden, bestonden er al enkele Lutherse gemeenten. Die werden om politieke redenen getolereerd. Ook na de Reformatie, die in Nederland Calvinistisch georiënteerd was, mochten de Lutherse gemeenten blijven voortbestaan naast de officiële Hervormde Kerk. Wel golden voor hen beperkingen: hun kerken mochten niet op een kerkgebouw lijken zoals geen toren hebben en niet aan de straat liggen. Daarom zijn alle lutherse kerken uit deze periode zo sober, bijna kaal gebouwd.
Zo ook in Maastricht waar voor het eerst melding gemaakt wordt van lutherse protestanten in 1642. Ook hier was het vooral Calvijn die vanuit Frankrijk zijn stempel drukte op de verspreiding van het protestantse geloof in deze contreien. Frederik Willem, de jongste zoon van Willem van Oranje had in 1632 de stad veroverd en er een streng gereformeerd bestuur geïnstalleerd.
De lutheranen kregen van hen geen enkele godsdienstvrijheid, erger nog, ze werden fel bestreden en vervolgd. 
Zo mochten zij in het openbaar geen kerkdiensten houden en moesten daarvoor uitwijken naar schuilkerkjes. In 1645 werd een lutherse bijeenkomst zelfs overvallen en werden alle voorwerpen en boeken meegenomen.
Vanaf 1646 is er sprake van predikanten die geregeld voorgingen in de gemeente. Door alle tegenwerking en door geldgebrek was het echter moeilijk om in een eigen predikant te voorzien. Johann Daniël Ulmann was de eerste lutherse predikant die regelmatig vanuit Aken in Maastricht kwam preken en twee maal per jaar het avondmaal bediende. De overige diensten waren leesdiensten waarin meestal een Duitse soldaat, Hans Reephun, voorging.Vanaf 1659 kwamen de lutheranen bijeen in een kamer die zij voor 34 gulden per jaar huurden van een hovenier. De zaken werden voor de kleine gemeente wat gunstiger toen koning Lodewijk XIV van Frankrijk de stad in 1673 veroverde. Er kwam een nieuwe verdeling van de kerkgebouwen. De lutheranen keregen de St.Matthiaskerk toegewezen die sinds 1632 in handen van de gereformeerden was geweest. Toen later onder het Franse bewind de protestanten de St.Jan en de St.Matthiaskerk terug moesten geven aan de katholieken, kerkten gereformeerden, walen en lutheranen allen bij toerbeurt in de St.Catharinakerk; de lutheranen van 6 tot 8 uur ’s morgens.
Na de ondertekening van de Vrede van Nijmegen in 1678 vertrokken de Fransen weer en werd Maastricht bij de Republiek der 7 Verenigde Nederlanden gevoegd. Alle protestantse gemeenten kregen hun eigen kerken terug waardoor de lutheranen opnieuw zonder kerkgebouw verder moesten.
Van Waldeck
De situatie verbeterde toen de prins van Oranje, een lutheraan, veldmaarschalk George Frederik, vorst van Waldeck benoemde tot gouverneur van Maastricht. Het lukte van Waldeck op 12 december 1682 bij decreet van de Staten-Generaal officieel de vrijheid van religie en de toestemming tot de bouw van een eigen lutherse kerk te verkrijgen. 
Bovendien zorgde de vorst in 1681 voor een lutherse predikant, ds. Mitzen uit het Duitse Waldeck.
Dat de vorst van Waldeck toestemming kreeg voor de bouw van de kerk had alles te maken met het feit dat zijn Duitse huurtroepen die garnizoen hielden in Maastricht hoofdzakelijk uit lutheranen bestonden en hij voor hen een kerk nodig had. Zij vormden het leeuwendeel van de Gemeente en de kerkenraad bestond voor een groot deel uit hun officieren. De andere gevestigde protestanten bleven hiertegen ageren. Zo probeerde de Nationale Synode van de Gereformeerde Kerk, gelukkig tevergeefs, de bouw van een lutherse kerk aan de Hondstraat tegen te houden. Voor 600 rijksdaalders kocht de Gemeente een schuur en een stal aan de Hondstraat. Armlastig als de Gemeente toen al was ging ds.Mitzen op bedeltocht over de grens in Duitsland wat 3000 gulden op bracht zodat de kerk gebouwd kon worden.
De relatie met het Nederlandse vorstenhuis blijkt uit de oorkonde achter in de kerk die het bezoek memoreert dat koningin-regentes Emma, van Waldeck-Pyrmont en haar dochter koningin Wilhelmina 22 mei 1895 aan de kerk brachten. “Zij hebben hulde gebracht aan de nagedachtenis van Georg Friedricht, vorst van Waldeck, gouverneur en opperbevelhebber van Maastricht, stichter van het Evangelisch-Luthers kerkgebouw” luidt de tekst.
1684
Op 28 oktober 1684 werd het gebouw, toch nog als een schuilkerk, in gebruik genomen. 
Wel hadden de gereformeerden bij de Staten-Generaal weten te bedingen dat er in de kerk niemand begraven mocht worden. Omdat graven in de kerk dik betaald werden, miste de gemeente hierdoor een rijke bron aan inkomsten. Toch ligt er achter in de kerk één iemand begraven.
Ds. Thamerus uit het Duitse Stolberg komt de eer toe bij de ingebruikname de eerste preek gehouden te hebben met als preektekst Psalm 51,20: “Schenk aan Sion weer geluk, dat is toch uw diepste verlangen; bouw Jeruzalems muren weer op”.
Aan het einde van de 17de eeuw beleefde de gemeente een zekere bloei. Dit leidde ertoe dat in 1695 voor de organist-schoolmeester naast de kerk een huis werd aangekocht. Deze lutherse school heeft een eeuw lang bestaan.
Tot 1846 was de voertaal, ook de preektaal Duits en werden alle kerkstukken in het Duits of het Nederlands geschreven al naargelang de taal die de schrijver machtig was.
Toen in 1818 het Luthers Kerkgenootschap gesticht werd en voor het eerst een georganiseerd Synodaal regime werd ingevoerd, hoorde de Gemeente Maastricht daar niet bij. 
Koning Willem I die de kerkgenootschappen organiseerde wilde in het zuiden, in een grotendeels katholieke omgeving, één protestantse kerk die wel naar taal maar niet naar religie onderscheiden was. De gemeente werd bij koninklijk besluit tot “Protestantse Hoogduitse Gemeente binnen Maastricht” benoemd zonder vermelding van de lutherse geaardheid. Pas in 1842 kwam de gemeente onder het gezag van de Nederlandse Lutherse Synode en sinds 1989 is zij door samenvoeging met de Lutherse Gemeente Heerlen geworden tot de “Evangelisch-Lutherse Gemeente Zuid-Limburg”. Toen kon, na een vacature van bijna 20 jaar wederom een predikant beroepen worden. Momenteel telt de gemeente circa 120 leden, verspreid over heel Limburg: van Venlo tot Maastricht. Binnen de Protestantse Kerk in Nederland zal zij als lutherse gemeente blijven bestaan.
Kerkgebouw
De kerk is gebouwd als een zaalkerk in neoklassieke stijl, in de achtertuin van het huis van ritmeester Birkfeld aan de Hondstraat, voor de prijs van 3100 Maastrichtse guldens. De bouw duurde bijzonder kort: de aanbesteding vond plaats op 24 januari, de eerste-steenlegging op 5 april en de ingebruikname op 28 oktober, alles in hetzelfde jaar 1684. 
De totaalindruk van de ruimte binnen is bijzonder fraai, de lichtinval creëert een aparte serene sfeer en de akoestiek is voortreffelijk. De sobere buitengevel en het ontbreken van een toren zijn het gevolg van het schuilkerk zijn.
In en aan de kerk hebben in de loop der geschiedenis nogal wat veranderingen plaats gevonden. Zo is rond 1730, na de Franse tijd, het gebrandschilderde raam in de voorwand met de wapens van van Waldeck onder politieke druk verwijderd en in plaats daarvan de huidige kansel aangebracht. De herkomst van deze kansel is verder onbekend.
In 1800 werd de kerk voorzien van nieuwe ramen die nog steeds de aandacht trekken door het azuurblauw glas dat er in verwerkt werd. Helaas zijn er van de twaalf oorspronkelijke ramen nog maar 4 over. De andere zijn in 1944 door een granaatinslag gesneuveld.
Van begin 1700 stammen ook de altaartafel en de balustrade in het liturgisch centrum. Aanvankelijk waren in de kerk banken geplaatst voor de officieren waarvan één nog bewaard is, voor de onderofficieren en op het balkon voor de manschappen. Ook voor de vrouwen was dit standsverschil doorgevoerd. 
Het was immers niet gepast dat de vrouw van een officier naast die van een gewone soldaat zou zitten. De kuifbank is later geplaatst. De galerij achter in de kerk dateert uit 1691. Bij de opening van de kerk in 1684 werd een aanvankelijk een tweedehands orgel geplaatst dat al in 1695 werd vervangen door een nieuw en groter orgel waarbij gebruik werd gemaakt van regalen van het oudere. Deze oude pijpen functioneren nog steeds. Voor deze installatie is een tweede galerij ingebouwd om de balg met trapwerk onder te brengen. Ook deze installatie is nog steeds (werkend) aanwezig. 
Als kunstschat is de kerk in het bezit van een vergulde zilveren schaal en zilveren kan die in 1694, na de dood van Georg Frederik Van Waldeck werden geschonken door Sophia van Saksen uit het huis Waldeck. Zij worden bewaard in de schatkamer van de St.Servaaskerk.
Grotere wijzigingen aan de kerk hebben plaats gevonden in 1930. De straat vóór de kerk werd verbreed. Daarvoor werd de middeleeuwse voorbouw afgebroken en kwam de gevel van de kerk in het zicht. Ter vervanging van de sociale ruimten die zich in deze voorbouw bevonden, is een dergelijke ruimte in de kerk zelf gecreëerd, waarvoor de oorspronkelijke heren (burger) banken op één na moesten verdwijnen. De ruimte onder de eerste galerij waar nu de garderobe en de toiletten liggen werd dichtgetimmerd tot consistoriekamer. De officierenbank links in de kerk is gespaard gebleven.
De laatste grote restauratie aan de binnenzijde van de kerk dateert uit 1996. Het pleisterwerk en het plafond is daarbij grotendeels vernieuwd. Aangezien het gebouw zich uitstekend leent voor het houden van (orgel) concerten en, vanwege de zeer gunstige lichtinval, voor het houden van exposities, werd het gebouw enkele jaren later aangepast aan deze doeleinden. Rechts achter in de kerk werd een verbinding gemaakt met het naastgelegen huis waar een consistoriekamer / vergaderkamer werd ingericht. In de trapruimte naar de galerij werd een kleine keukenunit geplaatst en in de voorheen aanwezige consistoriekamer werd een toiletgroep geïnstalleerd. De hardstenen ingangstrap werd vernieuwd.
Deze aanpassingen vergemakkelijken de exploitatie als cultuurgebouw waaruit financiële middelen gegenereerd worden die voor de Gemeente absoluut noodzakelijk zijn om het monument in stand te houden.
Momenteel is de restauratie van het dak in voorbereiding. De pannen die in 1903 aangebracht werden ter vervanging van de leien bekleding kunnen hierbij nog voor de helft hergebruikt worden.
Even arm als in 1684 ten tijde van de bouw en later bij alle volgende verbouwingen is de gemeente ook nu hiervoor weer totaal afhankelijk van gulle giften.
De Lutherse Gemeente in het zuiden is weliswaar niet groot maar dapper in het overleven.
Evangelisch-Lutherse gemeente Zuid-Limburg.
Mei 2004
Sluiting Lutherse kerk Maastricht
Na 329 jaar zonder onderbreking als kerkgebouw van de Lutherse Gemeente gediend te hebben werd er op 16 juni 2013 de laatste Lutherse dienst gehouden. Het afnemend aantal leden en de toenemende vergrijzing veroorzaakten een dusdanig tekort aan vrijwilligers en ambtsdragers (kerkenraadsleden) dat instandhouding van gebouw en erediensten niet meer mogelijk was. Na lang wikken en wegen werd daarom begin 2014 door de heel erg zure appel gebeten en de kerk en de twee aanpalende huizen verkocht aan een particulier die aan het kerkgebouw een culturele bestemming wil geven en in de huizen een Bed & Breakfast denkt te beginnen.