De eerste tekenen van het samenscholen van Lutheranen binnen de stad Nijmegen dateren van 1623. In de annalen staat vermeld dat in 1624 ( dus midden in de Tachtigjarige Oorlog ) de eerste vergadering met viering van het Avondmaal werd gehouden ten huize van Hans Ernst, Hertog van Saksen-Weimar. De predikant was Herman Bergfeld, predikant te Kleef.
Er waren toen, behalve het gezin van de Hertog, 29 lutheranen aanwezig.
Deze huisdiensten waren niet toegestaan door het stadsbestuur, maar ze werden toch voortgezet. Ook in een huis aan de Steenstraat zijn diensten gehouden. Een gevelsteen getuigt hiervan: “Wie in de Heer neemt zijn lust, die leeft in zijnen staet gerust”.
Zo gerust leefde men in die tijd niet, want menige dienst werd uiteengejaagd en verstoord. Maar na verloop van tijd was men in staat een eigen predikant aan te stellen in de persoon van proponent Jacob Bergfeld, zoon van de bovengenoemde Herman Bergfeld uit Kleef. Op 11 maart 1666 hield hij een dienst waarin werd ingegrepen door de magistraat. De predikant werd gevangengenomen en gesommeerd met zijn gezin de stad te verlaten. Toen bemoeiden zich enkele autoriteiten, die bijeen waren in Kleef voor vredesonderhandelingen, met de problemen van de lutheranen in Nijmegen. Het waren de Deense en de Zweedse gezanten en de gevolmachtigden van Wolfenbüttel en Lüneburg. Vooral ook op voorspraak van Keurvorst Friedrich Wilhelm (de Grote) van Brandenburg en uiteindelijk ook de afgevaardigden van de Staten Generaal van de Republiek van de Zeven Verenigde Provinciën gaven de doorslag voor een gunstige beslissing.
Vanaf dat moment werd de Lutherse Gemeente niet alleen geduld, maar werd haar zelfs een bedehuis aangeboden. Op 14 september 1670 werd de koop van de kapel van het Sint-Nicolaasgasthuis als kerk voor de lutheranen bezegeld op voorwaarde dat het gebouw vanaf de straat niet als kerk herkenbaar was. Het was dus een schuilkerk. De kerk stond aan de Grotestraat, vlak bij de Steenstraat. Daar hebben de lutheranen tot 1924 gekerkt. De Evangelisch-Lutherse Gemeente Nijmegen sloot zich weliswaar in 1818 aan bij de Synode van de Evangelisch-Lutherse Kerk in het Koninkrijk der Nederlanden, maar tot 1908 bleef de gemeente Duitstalig.
De kerk in de benedenstad raakte, evenals veel woonhuizen aldaar, in verval. Op 28 september 1924 werd een gedenksteen aangebracht in een nieuw aangekocht kerkgebouw aan de Prins Hendrikstraat. De toren werd ingewijd in september 1929 om plaats te bieden aan de luidklokken uit de oude kerk. Ook de kansel uit 1671 en het orgel uit 1726/1758 en enkele gedenkborden werden overgebracht. Het wapenschild van de Gouverneur van de stad, Prins Ludwig Friedrich van Saksen-Hildburghausen, een vooraanstaand lutheraan, kreeg een plaats boven de toegang tot de consistoriekamer.
De Tweede Wereldoorlog heeft de gemeente niet onberoerd gelaten. Ongeveer 40 lutheranen zijn omgekomen bij het bombardement van 22 februari 1944. De kerk werd in september 1944 bij de gevechten in het kader van de Operatie Market-Garden getroffen door een granaat, die de ramen van de kerk vernietigde en een groot gat in het dak en een bres in de westmuur sloeg. De huidige ramen zijn geschonken door de Evangelisch-Lutherse Gemeente Haarlem in het kader van de actie Nederlandsch Volksherstel.
In de ramen prijken de Lutherroos, het zegel van de ELG Nijmegen en het wapen van Haarlem. De luidklokken zijn in de oorlog gevorderd en na de oorlog kreeg de kerk een nieuwe luidklok, geschonken door Noorse lutheranen.
Bij de oprichting van de Protestantse Kerk in Nederland in 2004 heeft de gemeente zich hierbij aangesloten.